明憲宗朱見深時代是明朝內憂外患不斷的時代，那時明朝外有蒙古女真部族頻繁寇邊，內有各地少數民族和地方勢力起兵叛亂，使得國家長期處于戰爭的狀態之中固原。朱見深不得不派出大量的軍隊四方征討，以圖平定各地叛亂，穩定國家的根基。為了平定這些叛亂，朝廷內部也極盡全力給軍隊調撥充足的資源，加強對各地叛亂的征剿。可是就在這些戰爭打得轟轟烈烈的時候，朝廷內部卻因為調兵遣將出現了矛盾沖突，而且發生在掌控兵權的兵部和掌控朝權的內閣之間。為此內閣首輔彭時和兵部尚書白圭、程信沖突不斷，對平亂造成了極大的影響。
內閣與兵部的沖突發生在西北固原盜亂期間，當時彭時與主管兵部的白圭、程信等人為了是否使用陜西巡撫項忠平亂，是否向固原派遣京營軍隊發生爭論，然后發展成內閣與兵部的公開矛盾，在朝廷中引發了極大的政治風波固原。引發這個政治風波的固原盜亂是一個叫做滿俊的蒙古族土官引發的，他因為在家行四，所以史書上也稱之為滿四。滿四的祖先是巴丹，在明朝初年的時候帶領部族歸附明朝，于是被任命為土官，世代統帥固原的游牧民族部落。當時明朝對這些土官很優惠，他們的部落沒有沒有捐稅徭役，各方面都比當地的漢族強。
因為有了這些優惠條件，加上固原地處寧夏的邊境地帶，所以周邊很多部族和盜匪都積極向土官的勢力靠攏固原。滿四便是利用這個機會大量的招攬逃到邊境上的盜匪團伙，窩藏在內地犯案的罪犯，甚至幫他們銷贓和藏匿贓物。當時內地有犯案的罪犯托庇于滿四的地盤，結果被地方官府查到，于是派人聯系滿四的侄子滿璹前去捉拿。滿四怕官府追究他包庇罪犯，便和侄子滿璹殺掉追查的官員，發動了叛亂。他們占據了唐朝時期抵御吐蕃攻擊修建的石城，公開招攬周邊的部族和盜匪。滿四甚至打起反叛明朝的旗幟，自稱招賢王，數月便聚眾數萬。
滿四在固原反叛后勢力增長極快，很快便開始劫掠周邊的州縣，給西北的局勢帶來了極大的負面影響固原。都指揮邢端等出兵與滿四交戰，都被打得大敗，使得滿四聲威日隆，關中震動。朝廷委派都御史、陜西巡撫項忠提督軍務，組織軍隊出兵平亂，可他們還沒出發，就傳來甘肅巡撫陳價戰敗的消息。當時陳價組織的三萬軍隊討伐滿四，結果被打得大敗，使得滿四繳獲官府的武器輜重無數，氣焰更加囂張。因為陳價等之前的軍隊都敗了，兵部方面便認為項忠也平定不了固原盜亂，建議派撫寧侯朱永率京軍前往接替項忠平叛。
項忠得到消息后便上書朝廷，說自己已經組織了三萬三千人，足以平定亂局固原。而且他認為京城距離固原千里迢迢，京營的官兵戰力堪憂，就算派到固原也無濟于事。這封上書傳入內閣后，便引起了內閣和兵部的矛盾沖突。兵部尚書白圭和程信認為，項忠沒有能力平定亂軍，只要派出朱永能在明年春天完成平亂。朱永卻對出征之事獅子大開口，提出了各種關于兵權和后勤的要求，這讓內閣方面非常不滿。內閣首輔彭時支持了項忠的意見，阻止兵部派朱永前去替代項忠。他和兵部兩位尚書發生激烈沖突，兵部尚書程信甚至以殺人相威脅。
內閣和兵部的沖突震動了整個朝廷，最后還鬧到了明憲宗朱見深面前固原。最后因為內閣大臣商輅支持彭時的立場，朱見深也認為內閣的意見對，于是否定了兵部派朱永替代項忠的意見。項忠沒有辜負彭時對他的支持，很快在固原扭轉了不利的局勢。項忠指揮明軍圍困了滿四的大本營石城，然后在伏羌伯毛忠中箭身死情況下力挽狂瀾，攻破堅固的石城，活捉了滿四。事情的發展完全如項忠在上書中承諾的一般，當年冬天便平定了亂局，在石城派兵駐守后返回。后來滿四等人被押往北京，朱見深下旨將其凌遲處死。
彭時因在朝會上力挺項忠而受到百官的推崇，聲望達到了頂峰，被認為是知人之明固原。事后彭時被任命兼任吏部尚書，權力也達到了頂峰。兵部尚書白圭和程信雖然這件事上輸給了彭時，但也沒有受到影響繼續掌管著兵部的業務。很多人覺得這件因固原盜亂而引發的朝廷內部爭端，是內閣方面和兵部對于戰爭形勢的判斷不同而產生的。彭時作為內閣首輔大臣，對戰爭形勢判斷更加準確，所以才阻止了兵部想用朱永替代項忠的建議。雖然兵部失敗了，但很多人認為即便朱永替換項忠也不會影響戰爭的結果，明軍平定固原盜亂是遲早的事。
歷史愛好者們將這次政治沖突看作是內閣與兵部在政策路線上意見不同而產生的，這是大多數人的看法固原。但是很少有人知道，這件事的關鍵宅與關系著明憲宗時代國家和軍隊權力架構的調整。白圭和程信堅持以朱永替代項忠，不僅僅是對項忠能力的質疑，更多的是為了爭奪朝廷的軍權。為此他們不惜打破官場的潛規則，對于內閣首輔彭時進行面對面的威脅，這在整個明朝都是極少見的。實際上彭時在擔任內閣首輔前就兼任過兵部尚書，是白圭和程信的老上司。程信敢冒天下之大不韙打老上司的臉，沒有核心的政治利益是不可能的。
事情的起源還得從土木堡之變說起，當時因為這場令明軍全軍覆滅的大敗，使得明朝鎮守北京的京營精銳喪盡固原。于謙調集各地的軍隊到北京勤王，打贏了北京保衛戰后，便將精銳留在北京重建了京營。于謙重建的京營為十團營，四十余萬軍隊。因為明代宗朱祁鈺既意中于謙，又猜忌于謙，所以沒有讓于謙入閣，但卻讓他以兵部尚書的身份主導國家大事。因此當時的軍權是歸于于謙執掌的兵部，內閣名義上雖高，但任何與軍隊有關的事務都得得到于謙和兵部允許。這種重兵部而輕內閣的情況一直延續到”奪門之變“發生，明英宗朱祁鎮復辟之后。
朱祁鎮復辟后于謙被處死，他把兵部的大權交給了參與“奪門之變”的功臣們固原。這些功臣其實就是以石亨等位為首的武將勛貴集團，于是開啟了武將勛貴掌控國家軍權的時代。在這個時代兵部都是聽石亨等人的號令，即便是與軍隊系統相關的文官們都要依附于武將勛貴。明朝有文官提督軍務出征的傳統，一半是以文官提督軍務為主，武將總兵官總督軍務為輔，皇帝還會派監軍太監。在朱祁鎮時代，提督軍務的文官都聽武將總兵官的，所以當時軍隊中將領的自主權極大。而兵部則負責全國的軍隊和戰事，地方的文官難以插手軍隊事務。
朱祁鎮去世后朱見深即位，他吸取了朱祁鎮時代發生曹石之變的教訓，一上臺就開始削弱武將和勛貴的權力固原。兵部掌控京營，是全國軍權最大的地方，所以也是受到削弱最多的。但因為當時明朝內外戰亂不止，所以還得依靠武將勛貴帶兵出征，于是兵部便成了內閣中插不進手的國中之國。兵部的文官和武將相互勾連，利用京營的權力和地位形成了特殊的政治利益鏈，趁著全國叛亂的機會養寇自重，謀取更多的政治權利和各種利益。白圭和程信雖然是文官當兵部尚書，實際上卻是與武將勛貴們的利益密切相關的代理人。
實際上不管是于謙時代的兵部，還是后來天順時期的兵部，或者是成化初年文官掌管的兵部，都是集全國最高軍權為一體的固原。這種高度集中的軍權不符合宋朝以來軍隊將軍政和軍令權力分離的政治傳統，也會使得軍隊官員的軍權過于集中而發生內亂。于謙是品德高尚的大臣，掌管最高軍權不會用于叛亂。但是如果是野心勃勃的權臣掌握了兵部，則會威脅到皇帝的皇位。朱祁鎮后期的曹石之亂，便是因為“奪門之變”的功臣們掌握軍權后野心爆棚，想要進一步謀求更多的國家權力而引發的一場席卷北京城的內亂。
白圭和程信都是文官提督軍務出身，都是在平定各地叛亂過程中逐漸成長起來的兵部尚書固原。他們與武將勛貴關系極好，長期處于搭檔的地步，形成了共有的利益鏈。比如白圭與撫寧侯朱永多次搭檔平叛，程信與襄城伯李瑾也是一對黃金搭檔。他們倆掌管兵部實際上是代表了朱永、李瑾等京營的勛貴武將的利益，而不是文官集團和皇帝的利益。但是在固原盜亂中提督軍務的項忠卻與他們不同，項忠是御史出身的陜西巡撫，是實實在在的文臣，與軍隊沒有太多的關系。他甚至多次上書，說京營派往陜西的軍隊不堪大用，希望在本地選拔將領練兵。
項忠的意見得到了朱見深和內閣的支持，所以他在陜西組織了一批歸屬于兵部和京營以外，不歸白圭和程信調動的軍隊固原。固原盜亂發生后，內閣任命項忠提督軍務主持戰事，白圭也派出京營的總兵官劉玉參與。但是劉玉資歷少，官職低，根本壓不住項忠，這就使得固原戰亂的發展不受兵部的控制。而項忠事事都直接向內閣和皇帝請示，越過了兵部這個軍權最高機構，這讓兩個兵部尚書非常不樂意。于是雙方暗中交手不少，其根本的目標是爭奪戰爭的主導權和軍隊的權力，但由于項忠態度強硬，又是地方一把手，所以白圭等人拿他沒有辦法。
固原盜亂的初期平定并不順利，白圭和程信建議以朱永替代項忠，實際上是趁機奪取項忠控制的西北邊軍的軍權固原。如果讓朱永帶著京營大軍到了西北，就能通過戰爭謀取更多的軍隊權力和利益。實際上方案還在討論階段的時候，朱永已經對內閣獅子大開口了，要求提供更多的支持。如果這個方案得以通過，明朝戰事的主導權就會歸于兵部，而內閣又成了兵部的后勤部。于是明朝朝廷的軍權配置，又會回到于謙時代重兵部而輕內閣的格局。這樣的權力格局不僅僅是內閣大臣們無法接受，就連皇帝朱見深也是不認可的。
從史書記載來看，自從于謙去世后，京營的戰斗力就每況愈下固原。京營被武將勛貴控制，這里成了他們的搖錢樹。京營不但訓練和軍紀渙散，而且腐敗非常嚴重，在地方作戰簡直就是兵匪一家。項忠反對增加京營，就是因為地方時對于京營作戰后造成巨大的對老百姓生命財產的破壞。但是這些戰事卻又是京營和兵部的權貴們趁機發國難財的機會，他們怎能輕易放過？于是兵部想盡各種辦法想把項忠拉下馬，為此不惜與內閣正面沖突。彭時作為內閣首輔駁回了白圭和程信的方案，他們便急了，甚至以殺人相威脅。
項忠則更看重地方的衛所兵，他曾經上書從地方和衛所中選拔人才，這也得到了內閣的支持固原。所以在固原盜亂時，表面上看是兩種作戰策略的爭執，實際上是兵部和內閣在爭奪戰爭的主導權，和國家軍隊的控制權。彭時的強硬態度和項忠的勝利讓兵部的陰謀沒有得逞，也確保了內閣對國家戰爭的話語權。后來白圭還曾派出錦衣衛百戶吳綬在項忠的軍隊中放流言，想要趁機中止向前線增兵改變作戰方案。此事被項忠知道后上書彈劾了吳綬，朱見深因此調回吳綬，中止了兵部對前線戰事的干預，改由內閣直接向前線提供支持。
在成化初年，內閣和兵部的權力之爭是非常激烈的，而且穿插到了整個平定各地叛亂的戰爭之中固原。尤其是對京營的改革，兵部官員各種拖后腿，搞得明朝軍隊越打越弱。以至于花了近二十年時間，朱見深才勉強完成對京營和兵部的改革，將于謙設置的十團營改成十二團營，使得明朝軍隊的戰斗力有所恢復。但由于明朝的武將勛貴對京營和衛所滲透太深，所以軍隊中的腐敗問題一直沒辦法徹底解決，成為明朝潛在的內患之一。這樣的隱患長期存在，最終在明末成為危害到國家存亡的關鍵因素。